Senatfastigheter har fyra affärsområden som arbetar under eget resultatansvar och mot följande kundsegment: ministerier och specialfastigheter, försvar och säkerhet, kontor samt utvecklingsfastigheter.

Senatfastigheter införde den nya affärsområdesorganisationen den 1 januari 2011. Affärsområdena är inriktade på kunder med likartade verksamheter och servicebehov. Syftet är att skapa ett mer kundfokuserat och kostnadseffektivt sätt att arbeta.

Senatfastigheter är dessutom organiserat i Region- och processenheten som är ansvarig för investeringar, kundservice, uthyrning av fastigheter samt fastighetsförvaltning och disponentverksamhet. De fyra regionerna är: Region Södra Finland, Region Västra Finland, Region Östra Finland och Region Norra Finland. Kontor finns på 13 orter runt om i landet.

Kring affärsområdena och de regionala enheterna finns fem serviceenheter: Strategi, utveckling och informationshantering,  ekonomi, personal och utveckling, intern revision och information.