Senaatti-kiinteistöillä on neljä tulosvastuullista, asiakkuuksiin perustuvaa toimialaa: ministeriöt ja erityiskiinteistöt, puolustus ja turvallisuus,  toimistot sekä kehityskiinteistöt.

Toimialoihin on koottu samanluonteista toimintaa harjoittavia ja palvelutarpeita omaavia asiakkaita. Tavoitteena on entistä asiakaslähtöisempi ja kustannustehokkaampi toimintatapa.

Asiakaspalvelusta, kiinteistöjen vuokrauksesta, isännöinnistä ja kiinteistönhuoltoon liittyvistä asioista vastaa Senaatti-kiinteistöjen alueorganisaatio, joka muodostuu neljästä alueyksiköstä: Etelä-Suomen alue, Länsi-Suomen alue, Itä-Suomen alue ja Pohjois-Suomen alue.

Toimipisteitä on 12 paikkakunnalla eri puolilla Suomea.

Toimiala- ja alueorganisaation lisäksi Senaatti-kiinteistöjen toimintaa tukevat palveluyksiköt, jotka ovat strategia, kehittäminen ja tiedonhallinta, talous, henkilöstöresurssit ja kehittäminen, tiedotus ja sisäinen tarkastus.